Vakuumpumper er vidt brugt, men de står også over for adskillige udfordringer i praktisk brug.
1. Forseglingsproblemer: Vakuumpumper kræver ekstremt høj forseglingsydelse. Hvis tætningen mislykkes, reduceres pumpens effektivitet markant.
2. slid og smøring: Under drift forårsager friktion mellem skovlene og den indre væg af en roterende vingvæskevakuumpumpe slid. Desuden kræver pumpens interne smøresystem regelmæssig inspektion og vedligeholdelse.
3. gaskorrosion og
4. Energiforbrug og miljøbeskyttelse: Med voksende miljøbevidsthed er det at reducere vakuumpumpe energiforbrug og emissioner blevet et centralt fokus i branchen.